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Tres bases de datos bioinformáticas que debes conocer

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Es indudable que la base de datos más utilizada sea NCBI, uno de los repositorios más grandes y completos que se tiene. La cantidad de información es muy amplia, pero en muchas ocasiones, necesitamos consultar un gran lote o aplicar múltiples filtros hasta llegar a la información deseada. En otras ocasiones, la información altamente especializada está fuera de los repositorios tradicionales de NCBI. Para algunas ocasiones, es necesario conocer qué otros sitios de bases almacenan biodatos de gran interés para muchas investigaciones.

EMBL-EBI, la base de datos biológicos Europea

Repositorio EMBL-EBI, 2021

En muchas ocasiones, la navegación en NCBI puede ser un tanto complicada, más por la cantidad de información existente en la Base. EMBL-EBI por otro lado, tiene una interfaz más sencilla y tiene la ventaja de estar sincronizada al 100% con la base de NCBI, por lo tanto, puedes consultar una gran cantidad de datos, como secuencias, librerías de secuenciación o incluso referencias bibliográficas con herramientas más sencillas de usar. Incluso, tiene una gran cantidad de herramientas básicas en línea, a comparación de NCBI cuya herramienta insignia es BLAST.

Revisa más de lo que puedes encontrar en el sitio Oficial de EMBL-EBI.

Phytozome, para analistas de sistemas vegetales

Repositorio Phytozome v13, 2021

Muchas investigaciones emergentes están dándose en organismos vegetales, y puede que tu proyecto necesite la información más orientada a este grupo taxonómico, o a un origen de producto biológico vegetal. En Phytozome, puedes consultar una amplia cantidad de información referente a organismos modelo vegetales, como Arabidopsis spp. o incluso a cultivos de interés agroalimentario. En esta base puedes consultar genomas de referencia (en múltiples versiones), asociaciones parentales, búsqueda de genes homólogos, y también puedes descargar la información en crudo. Lo único que necesitas es una cuenta institucional, y el acceso será totalmente gratuito.

Checa la página, y usa la información que te sea de utilidad en Phytozome.

Biotools, un repositorio de herramientas bioinformáticas

Un repositorio de software en Bio Tools, 2021

Seguramente estarás esperando este repositorio con mucha emoción. La base de Bio Tools es un repositorio bastante amplio y actualizado con toda la información disponible de múltiples softwares, pipelines, y herramientas individuales que son utilizadas en análisis bioinformáticos. Posee una amplia variedad de categorías de herramientas, bases y referencias sobre cada programa que es utilizado. Contiene información especial para uso, e incluso un sistema de valoraciones de cada software, por parte de usuarios que los utilizan. Puedes consultar elementos básicos a partir de una cuenta gratuita, y filtros avanzados, contacto y soporte con una cuenta de pago.

Checa más sobre este repositorio en bio.tools.

¿Qué otra base de datos te gustaría que revisáramos? Mándanos tus comentarios en nuestra página de Contacto.

Solaria Biodata

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Startup 100% Mexicana enfocada en servicios bioinformáticos.